古代においては、水銀や辰砂（鮮血色をしている）はその特性や外見から不死の薬として珍重されてきた。特に中国の皇帝に愛用されており、それが日本に伝わり飛鳥時代の持統天皇も若さと美しさを保つために飲んでいたとされる。しかし現代から見ればまさに毒を飲んでいるに等しく、始皇帝を始め多くの権力者が命を落としたといわれている。中世期以降、水銀は毒として認知されるようになった。
世界中において有機水銀はかつて農薬として広く使われ、1970年代にイラクでは、メチル水銀で消毒した小麦の種を食用に流用したパンによって有機水銀中毒で400人以上が死亡する事件がおきた。そして、その毒性から現在は使用が禁止され、代わりに無機水銀などが使われるようになった。さらに、現在では水銀化合物自体の使用が環境汚染につながるとして忌避されるようになっている。
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2001年にアメリカ合衆国では「乳児の際に受けた予防接種中のチメロサール（エチル水銀チオサリチル酸ナトリウム・ワクチンの防腐剤として使用される）によって自閉症になった」として製薬会社に対する訴訟が発生した。三種混合ワクチン、日本脳炎ワクチン、インフルエンザワクチン、B型肝炎ワクチンなどの保存剤としてチメロサールが使われていたためである。有機水銀と自閉症を関連づける明確なデータがないため疑問視されているが、チメロサールを使わないか低濃度のものに替えるなど規制が強化されている。
有機水銀は無機水銀に比べ毒性が非常に強い。特にメチル水銀の中枢神経系（脳）に対する毒性は強力で、日本で起きた水俣病（熊本県八代海）や阿賀野川流域（新潟県）でおきた工場排水に起因する有機水銀中毒（第二水俣病）の原因物質である。